Su construcción dio inicio en 1779. Fue fundada por cinco monjas de Capuchinas de España, sor María Luisa, Abadesa; sor Marta Serafina, Vicaria; sor María Bernardina, Primera Tornera; sor María Mónica, Segunda Tornera; sor María Magdalena, Maestra de Novicias, y su primer párroco fue el ahora Cardenal Rodolfo Quezada Toruño.

Con excepción del retablo mayor que es Neoclásico, San Miguel de Capuchinas fue construida en estilo Barroco. Es importante destacar la originalidad de la fachada que es única en la capital.

Algunas de sus principales reliquias son sus altares, que fueron trasladados de la antigua capital. Además, posee la pintura de Thomas de Merlo, bautizada con el nombre de Nuestra Señora de las Monjitas, que constituye una obra invaluable.

En 1789 la Iglesia San Miguel de Capuchinas fue consagrada solemnemente.